Potret Istana Negara, Jakarta (IDN Times/Teatrika Handiko Putri)
Setelah Indonesia Merdeka, Istana Bogor menjadi berubah menjadi kantor urusan kepresidenan serta menjadi kediaman resmi Presiden Republik Indonesia dan menjadi sejarah peristiwa penting yang pernah terjadi di antaranya adalah Konferensi Lima Negara, yang diselenggarakan pada tanggal 28-29 Desember 1954.
Peristiwa yang lain adalah pembahasan masalah konflik Kamboja pada forum JIM (Jakarta Informal Meeting), yang dilaksanakan di istana ini pada tanggal 25-30 Juli 1988. Peristiwa penting lainnya adalah kegiatan Pertemuan Para Pemimpin APEC, yang diselenggarakan pada tanggal 15 November 1994, dan penandatanganan Surat Perintah 11 Maret 1966 yang amat terkenal dengan sebutan Supersemar.
Istana Kepresidenan Bogor memiliki 37 bangunan , Gedung Induk, Gedung Utama Sayap Kiri, Gedung Utama Sayap Kanan, dan Bangunan-Bangunan Lain.
Gedung Induk terdiri dari delapan ruang, Ruang Garuda, Ruang Teratai, Ruang Film, Ruang Makan, Ruang Kerja Presiden, Ruang Perpustakaan, Ruang Famili dan Kamar Tidur, Ruang Tunggu Menteri.
Gedung Utama Sayap Kiri terdiri dari Ruang Konferensi, Ruang Tidur dan Ruang Tengah. Sementara, Gedung Utama Sayap Kanan berisi ruangan untuk tamu-tamu Negara yang bermalam di Istana Bogor. Bagian ini terdiri atas beberapa ruang tidur.
Bangunan-Bangunan Lain ini terdiri dari Pavilion Dyah Bayurini, Pavilion Amarta, Pavilion Madukara, Pavilion Pringgondani, Pavilion Dwarawati dan Pavilion Jodipati.
Adapun Pavilion Amarta pernah digunakan sebagai kediaman Presiden Soekarno bersama Ibu Hartini. Sejalan dengan fungsinya, keadaan semua Pavilion ditopang oleh perabot dan perlengkapannya
Seiring dengan pergantian presiden, pada masa dinas Presiden kelima Republik Indonesia, Megawati Soekarnoputri muncul perubahan seperti pintu istana tidak ada lagi yang menggunakan tirai, seluruh permadani di ruang-ruang utama diganti dengan permadani buatan Persia dengan warna-warna yang harmonis dengan lingkungannya. Demikian pula halnya dengan perabotan. Kursi-kursi lama diperbaharui untuk digunakan kembali.
Di area Istana Bogor juga terdapat bangunan baru, yaitu Museum Kepresidenan Balai Kirti. Balai Kirti digagas oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan diresmikan tanggal 18 Oktober 2014. Hanya area ini di Istana Bogor yang bisa dikunjungi masyarakat umum.
Museum ini dibangun sebagai bentuk penghormatan kepada para Presiden Indonesia. Selain itu, Museum Kepresidenan RI juga diharapkan menjadi salah satu tempat wisata edukasi bagi anak-anak.