ilustrasi Gua Sunyaragi di tahun 1865-1876 oleh F. C. Wilsen (dok. Tropenmuseum)
Terkait sejarah kemunculan Gua Sunyaragi, ada dua sumber sejarah yang bisa menjadi rujukan. Melansir kebudayaan.kemdikbud.go.id, sumber pertama yaitu Carub Kanda atau berasal dari berita lisan dari para bangsawan Cirebon atau keturunan keraton yang dituturkan turun-temurun.
Menurut versi Carub Kanda dan beberapa catatan dari Keraton Kasepuhan, pembangunan Taman Sari Gua Sunyaragi dilatari oleh peralihan fungsi Pesanggrahan Giri Nur Sapta Rengga yang jadi permakaman raja-raja Cirebon. Pemicu lainnya yaitu adanya pembangunan tembok keliling keraton, Siti Inggil, dan area lain dalam rangka perluasan Keraton Pakungwati (sekarang Keraton Kasepuhan Cirebon) pada 1529 Masehi.
Lalu, sumber kedua yang mencatat tentang pendirian Taman Sari Gua Sunyaragi adalah buku Purwaka Caruban Nagari yang ditulis langsung oleh Pangeran Kararangen atau Pangeran Arca Carbon pada 1720. Menurut versi ini, Gua Sunyaragi dibangun oleh cicit Sunan Gunung Jati, yakni Pangeran Kararangen, pada 1703 Masehi.
Nama Sunyaragi berasal dari kata "sunya" yang berarti sepi dan "ragi" yang berarti raga. Sejarah pada versi Caruban Nagari lah yang kini kerap dijadikan rujukan para tour guide di Gua Sunyaragi.